środa, 14 września 2022

Biotech w Iławie i na świecie. Czyli jak wejść w biologię syntetyczną, zaczynając od mniej niż 0,005% wydatków na miejscową edukację.



Iława wyraźnie zapisała się w początkach molekularnych nauk o życiu*. Z okolic pochodził noblista Emil Adolf von Behring, urodzony w Ławicach, który opracował surowice antytoksyczne, zawierające przeciwciała czyli część układu odpornościowego. W Iławie urodził się Richard Altmann,  który odkrył mitochondria i nadał nazwę kwasom nukleinowym. Potem odkryto że dzielą się na DNA i RNA.

Z tym że było to bardzo dawno temu więc już mało kto kojarzy ich z biologią komórkową. Od tego czasu w Iławie niewiele dzieje się w tym temacie. Jeszcze przed covidem proponowałem sprowadzanie edukacyjnych zestawów do edycji genów ale musiało brzmieć to trochę dziwnie. Mam nadzieję że to co się działo podczas dwóch ostatnich lat mogło kilku ludziom otworzyć oczy. I może coś zacznie się w tym temacie. A powinno bo zbliża się cywilizacyjna szansa na rozwój. Zrozumieli to Amerykanie. 

Kilka dni temu dowiedzieliśmy się że badaczka o polskich korzeniach, pracująca w Ginkgo Bioworks - fabryce biologii syntetycznej, stanie na czele nowej agencji biotechnologicznej w USA. A to dlatego że prezydent USA wydał rozporządzenie wykonawcze dotyczące postępu w biotechnologii i bioprodukcji na rzecz zrównoważonej, bezpiecznej i bezpiecznej biogospodarki. Prezydenci USA ostatnio wydają około 40 takich rozporządzeń rocznie, więc jest to dość istotne. W ramach tego: "Rząd Stanów Zjednoczonych poszerzy możliwości szkoleniowe i edukacyjne dla wszystkich Amerykanów w zakresie biotechnologii i bioprodukcji."**

Dodatkowo,  w 60 rocznicę "księżycowej" mowy Kennedy'ego Biden oznajmił, że wyznaczył priorytetowy cel - walkę z nowotworami. Na czele nowej agencji biotechnologicznej ARPA-H, mającej zajmować się zaawansowanymi innowacjami stanie  - Renee Wegrzyn. Pracowała poprzednio również w DARPA, agencji tworzącej nowoczesne technologie dla wojska.

Poza tym, w USA odkryto możliwość przewidywania powstania chłoniaka przy pomocy sekwencjonowania całego genomu i zaawansowanej bioinformatyki.*** Proces ten można wykorzystać do wykrywania innych nowotworów. I tutaj rzecz ważna i ciekawa z perspektywy Iławy, że takie badania można robić niewielkim kosztem. Sekwencjonowanie całego genomu to kilkaset dolarów, narzędzia bioinformatyczne są za darmo w sieci. Potrzebna jest tylko duża wiedza - też jest za darmo w sieci. 

Jako że biologia syntetyczna się demokratyzuje, wiedza o niej jest dość łatwo dostępna, a narzędzia do zajmowania się nią tanieją, teraz jest najlepszy okres żeby w to wejść. Ile nas, w Iławie, to będzie kosztowało?

Rocznie Iława i okolice (gmina, miasto, powiat) wydają na oświatę i wychowanie około 125 mln zł. Stworzenie i prowadzenie małego, edukacyjnego laboratorium biologii syntetycznej ****, kosztowało by mniej niż 1% tej sumy. Ale chcemy zacząć od sumy mniejszej od promila tej kwoty. Co tam promila, mniejszej od 1/10 promila! Nawet mniej niż 0,005% . Serio

Zaczniemy od zakupu edukacyjnych zestawów do edycji genów. Jeśli to spodoba się młodzieży, kupimy edukacyjne urządzenia. Jeśli i to chwyci czyli młodzież zacznie przeprowadzać własne projekty, zaczniemy budować profesjonalne laboratorium. 

Czy nas region stać aby zaryzykować te mniej niż 0,005% wydatków na oświatę, na wejście w biologię syntetyczną już dziś? A potem może 1%.  Odpowiedź wydaje się prosta. Nie stać nas by nie spróbować. 

I może, dzięki temu, Iława wróci do czołówki miejsc skąd pochodzą badacze molekularnych nauk o życiu.


*Czasopismo Postępy Biochemii - Początki molekularnych nauk o życiu – Kontekst Polski https://postepybiochemii.ptbioch.edu.pl/index.php/PB/article/download/105/181/285

** https://www.whitehouse.gov/briefing-room/presidential-actions/2022/09/12/executive-order-on-advancing-biotechnology-and-biomanufacturing-innovation-for-a-sustainable-safe-and-secure-american-bioeconomy/ 

A pod linkiem  możecie obejrzeć relację z zebrania z Białego Domu na temat biotechnologii i bioprodukcji. Szczególnie polecam wypowiedzi Jasona Kelly ( Ginkgo Bioworks ) i Gauraba Chakrabarti (Solugen) : https://youtu.be/0i26aOKo1Mc?t=3221

*** https://www.genomik.pl/ciekawostki/genomy-bioinformatyka-i-warianty-powoduj%C4%85ce-nowotw%C3%B3r

**** https://www.instytut.ilawa.pl/synbio_lab


wtorek, 16 sierpnia 2022

Maszyny spełniające życzenia

 


Rok temu dostaliśmy do rąk oprogramowanie oparte na sztucznej inteligencji (SI), które miało niemalże samodzielnie pisać gry i programy, jeśli powiemy mu czego oczekujemy. Marketing Codex OpenAI był trochę przesadzony ale to, że programiści otrzymali wywodzącego się stąd Copilota, fantastyczne narzędzie, które samoczynnie pomaga uzupełniać im kawałki kodu, jest faktem. Można nawet powiedzieć że spełnia nasze życzenia, których nawet nie zdążyliśmy wyrazić. Choć koncept jest podobny bardziej do uzupełniania słów gdy piszemy wiadomości tekstowe niż do czarów złotej rybki. 

Ta sama firma zaoferowała nam inną SI -  DALL-E 2, który tworzy grafiki na podstawie treści, które jemu/jej podamy. Rysuje nam to co chcemy zobaczyć, od realistycznych sytuacji po kompletną abstrakcję i fantastykę. Wystarczy tylko wypowiedzieć życzenie. To bardzo fajna zabawa. Sam stworzyłem, w ramach testów, kilkadziesiąt obrazków, z których część wrzuciłem na swojego FB. Grafiki tak mi się podobały, że gdy je ponownie oglądałem zaczęła tworzyć mi się, na ich podstawie, historia. Tą stworzoną, prostą bajkę możecie przeczytać na dole strony lub wysłuchać poniżej: 


Pomijając to że potraktowałem pisanie tej bajki też tylko jako zabawę, widzę tu jednak potencjał na tworzenie tą metodą czegoś bardziej interesującego, dla szerokich grup czytelników. Lub widzów. Bo z tej bajki łatwo już jest zrobić skrypt do filmu. Historię trochę skomplikować, rozbudować i voila. Tyle,  że trzeba poczekać na SI, która będzie robić filmy z obrazków. A na razie może ustawić Codexa i DALL-E naprzeciw siebie i wytrenować te SI do tworzenia historii tekstowo obrazkowych? 

W konsekwencji, rozwój takich programów doprowadzi do tego, że za pomocą poleceń, będziemy budować całe światy w wirtualnej rzeczywistości, o czym informowała już wcześniej Meta/FB. Tak, maszyny będą budować nam światy. Ale nie tylko. Zgodnie z Prawem Clarke'a każda wystarczająco zaawansowana technologia jest nieodróżnialna od magii. Tak będzie również z biotechnologią. W przyszłości biologiczne roboty powstające w bioreaktorach pod naszą skórą będą w stanie np. zbudować nam dom czy statek kosmiczny, gdy tylko o tym pomyślimy. Pytanie tylko kiedy to nadejdzie. Obecnie, też dzięki SI uczymy się jak na podstawie liter kodu DNA przewidywać jego strukturę i rolę jego elementów regulacyjnych*. Wcześniej Alphafold Googla umożliwił nam przewidywanie struktury białek. To początek drogi ale będziemy coraz sprawniej budować biologiczne maszyny. Wydaje się że biologia syntetyczna wspomagana SI, będzie jeszcze większą rewolucją niż komputery i informatyka. Choć jeszcze, jeśli spojrzymy na protokoły wykonywania bardziej zaawansowanych eksperymentów inżynierii genetycznej, to wciąż wygląda bardziej jak alchemia niż chirurgia precyzyjna. Nawet metoda badawczo-diagnostyczna analizy zawartości pojedynczej komórki** (ale w milionach sztuk naraz) wygląda bardziej jak wróżenie z fusów niż nauka, pomimo znacznego zaawansowania technologicznego. Choć świetnie nam wychodzi liczenie i klasyfikowanie tego co w tej komórce się tworzy.

Droga do stworzenia ogólnej maszyny, która spełnia nasze życzenia, może być dość długa. Stąd też ciekawe są setkolatki czy tysiąclatki. Perspektywa planowania na dłuższy czas. Popularni są wizjonerzy super SI, którzy wieszczą Przełom, zaraz. Czyli to że stworzymy inteligencję mądrzejszą od nas, tzw. osobliwość. Motywujący jest Ray Kurzweil z osobliwością w 2045, ale Ben Goertzel, który przepowiadał ją za 10 lat, w roku 2014, pokazuje nam że droga do przełomu może być dłuższa.

 I czekając na game-changera, możemy zająć się powolną budową przyszłości. Przebudowa genów, w celu dostosowania człowieka do podróży kosmicznych, powoli będzie przechodzić z opowieści fantastyczno-naukowych do świata badań. Laboratorium Chrisa Masona ma plan na 500 lat, żeby zachować człowieka i inne istoty które są dla nas użyteczne, w Kosmosie: A na zachowanie naszej dzikiej przyrody, plan na 10000 lat ma organizacja Revive & Restore ****, która już odtwarza gatunki. 

Tak więc, na kiedy obstawiamy wrzucenie do naszego DNA kodu niesporczaków żeby chronić nas przed radiacją podczas podróży kosmicznych? 2050, 2150 czy raczej 3000? Do tego czasu sporo się nauczymy, wykorzystując biologię syntetyczną, z wsparciem SI do pomagania ludziom i naszej przyrodzie. Bo tego sobie życzymy. Zdrowia i pomagania innym. Bajki o super inteligentnych robotach które wybiją ludzi lub o dziewczynkach konstruujących w swojej chatce broń biologiczną, to … tylko bajki.


* https://phys.org/news/2022-08-artificial-intelligence-tools-dna-regulatory.html

** https://www.singlecellcourse.org/

***  https://2011.igem.org/Team:NYC_Software/Tools/Colonization

**** www.reviverestore.org



*****

Bajka o małej dziewczynce, która pokonała smoka.

(tytuł alternatywny: "Bajka o Małdzi Skuba-Dratewce, de domo Krak (ona, jej)" )

Mała dziewczynka, na drugim roku studiów, nudziła się. Postanowiła iść daleko od swojego mieszkania w nowoczesnym mieście przyszłości. Znalazła tam dziwy, o których czytała w książkach. Grzyby i spróchniały pień. 

-Ojej, jak miło, nasz Władca Smok i jego siepacze chyba przeoczyli, jak to nazywają – chwasty. Pomyślała.



Władca tej planety, Smok, właśnie w tym czasie dostał raport że jedna z jednostek zaczyna pokazywać dziwne zachowania i jej ranking społecznościowy leci na łeb i szyję. Smok jednak olał raport i wolał zażerać się pachnącą czekoladą z ziółkami.



A może by tak zniszczyć smoka? Pomyślała mała dziewczynka, w przerwie zakuwania obowiązkowej Historii Smoczego Postępu. No dobra, to zniszczę, postanowiła. Następnie udała się do swojego małego laboratorium biologii syntetycznej gdzie porozmawiała sobie, przez mikroskop ze swoimi niebieskimi stworzonkami. Obiecały że jej pomogą.



Jej nauczycielka ze zgrozą patrzyła przez okno na to co robi mała dziewczynka. Ojojoj, przez to stracisz czas, który możesz poświecić naukę do egzaminów. A przecież wiadomo że kto dostanie tytuł magistra, ten będzie mógł pracować nawet w smoczej mieszalni lakieru do paznokci u stóp!




Jednak mała dziewczynka, no dobra, nazwijmy ją Małdzią, ani myślała rezygnować. Zapytała stworzonego przez siebie kolegę, Pufcia, czy może jej pomóc. Pufcio powiedział, że bardzo chętnie pomoże ubić tego skurczensyna smoka. 



Po naradzie z niebieskimi stworzonkami opracowali bioboty, które skomplikowaną intrygą nanieśli na skórę smoka. 

Smok w tym czasie popijał ziółka i śnił o gwiazdkach, jak jego cała służba bezpieczeństwa, więc nie wyczuł zagrożenia.


Tak więc bioboty roztentegowały DNA temu smoku.


A Małdzia żyła szczęśliwie, na naturalnej planecie, z  Panem Androidem, który też jej trochę podpowiadał co do tego jak zbliżyć się z bronią do smoka.



Mieli dzieci i latali sobie wesoło po innych galaktykach, bowiem czuli się bezpiecznie mając wykupione międzygalaktyczne ubezpieczenie w firmie REITION.




-------------
31.08 I mały update ogólny. Zapraszam do korzystania z dwóch usług. Na razie wersja beta:


genetyk Iława, genomik, genomika






sobota, 16 lipca 2022

Twardy dysk proszę. DNA czy zwykły?

English version at the bottom of the page

To pytanie w sklepach możemy usłyszeć już za kilka lat. A przynajmniej znajdziemy tam czipy do zapisywania danych na DNA. I to w przystępnej cenie, jak zapowiada szefowa firmy Twist Bioscience. 

Dlaczego mielibyśmy jej wierzyć? Choćby dlatego, że organizacja zrzeszająca firmy zainteresowane takimi technologiami - DNA Data Storage Alliance, gdzie członkami są między innymi Microsoft, Dell Technologies czy Illumina, dołączyła do organizacji wypracowującej światowe standardy przechowywania danych – SNIA.

Zapisywanie danych w DNA ma tą przewagę że, wkrótce będzie tańsze od metod dotychczas stosowanych. Co przy powiększającej się ilości informacji, które trzeba magazynować, przyniesie użytkownikom wymierne oszczędności. Jeszcze przez długi czas będziemy mieli problem z szybkością zapisu/odczytu z DNA, więc ta technologia nie pomoże nam w zastosowaniach gdzie informacji potrzebujemy szybko, ale do tworzenia archiwów to doskonały wybór. A z większości danych, które istnieją, korzystamy bardzo rzadko. Co ciekawe, wszystkie dane, które wytworzyliśmy dotąd na świecie, zapisane na DNA, zmieszczą się w większym słoiku. Odpowiednio zabezpieczone, mogą tam leżeć 10000 lat, bez uszczerbku.

Kodowanie w DNA

Co potrzebujemy do tego aby zapisać dane w kodzie genetycznym? Po pierwsze zamieniamy kod składający się z zer i jedynek na literki zasad które występują w DNA – ACGT. Więc np. 00 może stać się A, a 01 - C.  Nic prostszego. Następnie, chemicznie, tworzymy krótkie łańcuchy tych zasad, łączymy je w dłuższe, i osadzamy np. na silikonowym czipie. Do odczytywania używamy sekwentatorów jakimi odczytuje się kod zwierząt czy roślin. Są one coraz tańsze. Niedługo odczytanie całego kodu człowieka, zejdzie do ceny 100 stu dolarów  ( za 3 mld. literek kodu).

Trochę więcej  na temat tej technologii można poczytać na stronie dnastoragealliance.org, z której pochodzi poniższa grafika.



Do DNA przez kwantowy internet

Równie szybko nadchodzącą technologią jest komunikacja kwantowa. Będzie to warstwa internetu służąca do najbezpieczniejszej komunikacji. Na razie problemem jest to, że ciężko taką informację przesyłać przez węzły, ale naukowcy pracują nad jego rozwiązaniem. Dostępne są już komercyjno-badawcze urządzenia do kwantowego transferu informacji, a elementy do nich dostarcza polska firma – Creotech. Gdy już będziemy mieć kwantowy internet, informacja przez niego przechodząca będzie nie do przejęcia. Z uwagi na to że bliską technologią są komputery kwantowe, które łatwo złamią standardowe szyfrowanie, przez warstwę tego nowego internetu przechodzić będzie sporo informacji. I część z nich trafi do archiwów DNA.

Nie uciekaj nośniku

Nie jest nowością to, że możemy zapisywać informacje do DNA istot żywych. Na podobnych zasadach jak działają terapie genowe. Potrafimy zmieniać kod bakterii, roślin.  Naukowcy zapisywali w kodzie organizmów obrazki czy nawet filmiki. Większość technik, wykorzystanych w zapisywaniu zapożyczona jest z mechanizmów działania układu odpornościowego. Poczynając od słynnego CRISPR/Cas9, do wykorzystania transferazy TdT, która jest częścią mechanizmu rekombinacji VDJ, który to właśnie chroni nas przed rzeszą nieznanych nam patogenów.  Te technologie są jeszcze dość wolne, więc nagrywarki do „żywego” DNA są w fazie eksperymentalnej ale tu też nie potrzeba wielu lat by sprawić żeby nie tylko rośliny na parapecie ale i pająk w rogu strychu czy motylek mógł być bardzo bezpiecznym sejfem na nasze najcenniejsze informacje. Tyle że może nam uciec. 

AAA, Mechanika DNA na wyprawy kosmiczne szukam

Więc może bezpieczniej będzie umieścić nasze poufne informacje, zapisane w DNA, na jakiejś asteroidzie? W nadchodzącej epoce górnictwa kosmicznego, nie będzie to żadnym problemem. Już teraz możemy je umieścić na którymś, z komercyjnych satelitów.

A dla rozbudzenia apetytów przyszłością dodam, że ostatnio naukowcy odkryli wpływ efektów kwantowych na mutacje DNA. Tak więc, przyszły zawód mechanika DNA, konstruującego kod, symulującego zachowania maszynerii białkowych w skomplikowanym środowisku komórkowym i międzykomórkowym, to będzie bardzo ciekawa fucha.


Projekt dnata.space


PS: Szukamy wsparcia dla rozwoju edukacji w zakresie biologii syntetycznej w Polsce. Dzięki temu, szybko możemy przejść na początek stawki naukowo-technologicznej w rozwijającym się świecie. Nasz projekt zakłada stworzenie testowego – edukacyjnego laboratorium biologii syntetycznej i przeskalowanie tego na całą Polskę. Dzięki pozwoleniu młodym ludziom na naukę, za pomocą prawdziwych narzędzi, i uczeniu się ze wszystkich dostępnych źródeł, pomożemy w szybszym nabywaniu nowych umiejętności. Zamiast zapamiętywania maksymalnej ilości informacji, proponujemy kształcenie w kierunku zrozumienia algorytmów, wyszukiwania informacji i kreatywnego podejścia do używania narzędzi i zasobów. Zainteresowanych projektem zapraszam na stronę Iławskiego Instytutu Idei: https://www.instytut.ilawa.pl/synbio_lab






-------------------------------ENG------------------------------

- I would like to buy hard disc, please.

- DNA or ordinary one?


We can hear this question in stores in a few years. Or at least we'll find there DNA chips on which we can store our data. And at an affordable price, as announced by the CEO of Twist Bioscience.

Why should we believe her? For the very fact because the organization associating companies interested in such technologies - DNA Data Storage Alliance, whose members include Microsoft, Dell Technologies or Illumina, has joined the organization developing world standards for data storage - SNIA.

Storing data in DNA has the advantage that it will soon be cheaper than the methods used so far. Which, with the increasing amount of information that needs to be stored, will bring tangible savings to users. We will have problems with the speed of writing / reading from DNA for a long time, so this technology will not help us in applications where we need information quickly, but for creating archives it is an excellent choice. And most of the data that exists is very rarely used. Interestingly, all the data we have produced so far in the world, written on DNA, will fit into a larger jar. And, properly secured, can stay there for 10,000 years without any damage.


Coding in DNA

What do we need to save data in the genetic code? First, we replace the code consisting of ones and zeros into the letters of the bases that appear in DNA - ACGT. So, for example, 00 can become A, and 01 - C. Nothing easier. Then, chemically, we create short chains of these bases, join them into longer ones and embed them, for example, on a silicone chip. For reading, we use sequencers with which the code of animals or plants is read. They are getting cheaper. Soon reading the entire human code will go down to the price of 100 hundred dollars (for 3 billion letters of code). You can read a little more about this technology on the dnastoragealliance.org website  


Into DNA via the quantum internet

Quantum communication is also rapidly coming technology. It will be the layer of the internet for the most secure communication. The problem for now is that it is difficult to transmit this information through the nodes, but scientists are working on a solution. Commercial and research devices for quantum information transfer are already available, and the elements for them are provided by a Polish company - Creotech. Once we have quantum internet, the information passing through it will be unbreakable. Due to the developement of quantum computers, which are a related technology, which can easily break standard encryption, a lot of information will pass through the layer of this new internet. And some of this data will go to the archives stored in DNA.


Don't run away, my data carrier

It is not new that we can write information to the DNA of living beings. Gene therapies work, substantially, in a similar way. We can change the code of bacteria and plants. Scientists saved pictures or even videos in the code of organisms. Most of the techniques used in writing are borrowed from the mechanisms of the immune system. Starting from the famous CRISPR / Cas9, to the use of TdT transferase, which is part of the VDJ recombination mechanism, which protects us from a multitude of different pathogens. These technologies are still quite slow, so recorders for "live" DNA are in the experimental phase, but it will not take many years to use not only plants on the windowsill, but also a spider in the corner of the attic or a butterfly, as very safe vault for our most valuable information . Only it can run away from us.


AAA. Wanted. DNA Mechanic for Space Expeditions  

So maybe it would be safer to put our confidential information, stored in DNA, on some asteroid? In the coming age of space mining, that won't be a problem at all. We can already place DNA data on any of the commercial satellites. And to whet your appetite for the future, I could mention that recently scientists have discovered the influence of quantum effects on DNA mutations. So, the future profession of a DNA mechanic, which will be constructing code, and modeling the behavior of protein machinery in a complex cellular and intercellular environment, will be a very interesting job.

PS: We are looking for support for the development of education in the field of synthetic biology in Poland. Our project involves the creation of a test - educational laboratory of synthetic biology and scaling it to the entire territory of Poland. By allowing young people to learn with real tools and learning from all available sources, we will help them acquire new skills faster. Instead of remembering as much information as possible, we will help you understand algorithms, find information, and be creative in using tools and resources. If you are interested in the project, please visit the website of the Ilavian Institute of Ideas: https://www.instytut.ilawa.pl/synbio_lab

















niedziela, 3 lipca 2022

Świetliki, masoni i terapie genowe.

Wczorajszy spacer po iławskim lesie był wyjątkowo magiczny. Latały setki świetlików – iskrzyków. Trochę o świetlikach i bioluminescencji mówię na wideo poniżej. Wiedzieliście że początek terapii mRNA jest związane z odkryciem w którym pomogły substancje powodujące że świetliki świecą – lucyferyna i lucyferaza? Skąd wzięły się te nazwy? Nie do końca to wiemy, ale próbujemy się domyślać. I może to być bardzo ciekawa historia.



Samica świetlika świętojańskiego

Samce iskrzyka w pajęczynie




Link do artykułu o którym mówiłem w materiale: https://naukawpolsce.pl/aktualnosci/news%2C92612%2Cprof-wojdacz-spowolnienie-starzenia-dzieki-epigenetyce-przyszlosc-medycyny 

Edukacyjne laboratorium biologii syntetycznej w Iławie: https://www.instytut.ilawa.pl/synbio_lab 


Chronologia wspomnianych wydarzeń: 

1877 - Bronisław Radziszewski – chemiluminescencja, synteza lofiny 

1882 – Leo Taxil zostaje wykluczony z masonerii 

1884 - Leon XIII ogłasza encyklikę Humanum Genus 

1885 - Leo Taxil nawraca się i pisze „Wyznania wolnomyśliciela” 

1887 - Raphaël Dubois odkrywa i nazywa lucyferynę i lucyferazę 

1892 – Leo Taxil wydaje książkę „ Diabeł w XIX wieku”, o rytuałach satanistycznych i Lucyferze wśród masonów 

1897 – Konferencja na której Leo Taxil przyznaje się do fabrykacji swoich historii o masonach 


A dla ciekawych link do artykułu w którym opisane jest jak lucyferaza pomogła w opracowaniu szczepionek i innych terapii syntetycznym mRNA. Co prawda nie ma tu mowy o covid, bo artykuł jest z 2018, ale za to jest o Modernie, BioNTechu i o pieniądzach w naukowych startupach. No i o tym co zrobić żeby układ odpornościowy nie niszczył zbyt szybko mRNA (modyfikacja nukleozydu - urydyny): https://go.gale.com/ps/i.do?p=AONE&u=googlescholar&id=GALE|A572904656&v=2.1&it=r&sid=googleScholar&asid=1caaa182 Amanda B Keener (1 September 2018). "Just the messenger". Nature Medicine. 24 (9): 1297–1300. doi:10.1038/S41591-018-0183-7. ISSN 1078-8956. PMID 30139958. S2CID 52074565. Wikidata Q91114205. 

Zachęcam też do samodzielnego podglądania świetlików na ścieżce dydaktycznej na Kamionce (Iława). Najlepiej po 22.00 (pod koniec czerwca, na początku lipca), wtedy w lesie jest już ciemnawo. Żeby zobaczyć świetliki nie trzeba wchodzić głęboko w las. Zwykle najwięcej, na metr kwadratowy, jest ich przy wejściu do lasu. Można wejść do 50 m w głąb i to wystarczy. Latają świecące samce iskrzyków, przy ziemi siedzą ich samice i samice świetlików świętojańskich. 

Pod wieczór, głębiej mogą być dziki i koziołki. Najpewniej uciekną słysząc ludzi. Wycie i potępieńcze odgłosy po lewej to dźwięki odstraszające zwierzęta od torów. Proszę uważać na drogę, jest dziurawa. Na roślinach mogą być kleszcze więc każdy kto schodził z drogi powinien obejrzeć się po powrocie. Jeśli chcecie zbliżać się do świetlików, starajcie się przedtem nie używać środków odstraszających komary. Zwłaszcza tych z DEET. To środki owadobójcze i też będą stresować świetliki.

Czasami organizujemy spacery po nocnym lesie. W ramach projektu Leśny Przewodnik Iława i okolice Jezioraka https://www.facebook.com/Ilawski

A przy okazji. Są już komercyjnie dostępne awatary sztucznej inteligencji, którym można kazać mówić co się chce. Dostarcza je firma Synthesia. Widziałem że ostatnio NCBiR kupił od nich trochę tego. Synthesia oferuje darmowe dema, z dowolnym tekstem, jak poniżej. 




A poniżej jeszcze dla tych, którzy wolą czytać. Skrócone podsumowanie treści z filmiku: 

W lesie w Iława latają setki świetlików. Dlatego spacer po nim nocą jest magiczny. Te spektakle odbywają się tylko kilka tygodni w roku, więc serdecznie zapraszam do Iławy. Ale tu chciałem wspomnieć co świetliki mają wspólnego z masonami, szczepionką na covid i terapiami genowymi. 

Świetliki świecą dzięki lucyferynie i lucyferazie, które są utleniane. Dzięki temu elektron w atomie wzbudza się i potem spada na niższy poziom w powłoce, emitując foton. Tak, świetliki świecą dzięki efektom kwantowym. Te zresztą mają też wpływ na mutacje w DNA. 

To że lucyferyna z lucyferazą zaświeciły się w myszy, było początkiem terapii genowych i rozwoju Moderny. O czym możecie przeczytać w artykule z roku 2018 „Just the messenger" https://go.gale.com/ps/i.do?p=AONE&u=googlescholar&id=GALE|A572904656&v=2.1&it=r&sid=googleScholar&asid=1caaa18 

Lucyferazę stosowano przy odkryciu możliwości przedłużenia życia o 40% , o czym traktuje praca sprzed dwóch miesięcy https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2121499119

Te substancje, a także bardzo popularne białko GFP ( Green fluorescent protein ) stosuje się w wielu badaniach biologicznych  

Ale to są fakty znane. A mnie zainteresowało pochodzenie nazw – lucyferyna i lucyferaza. W źródłach, mówi się że to po prostu „niosący światło” po łacinie. Autor nazw, Raphaël Dubois , w swoich pracach nie wyjaśnia źródła inspiracji. Problem jest taki, że w naszej kulturze, czy to w Polsce czy we Francji Lucyfer kojarzy się z diabłem, szatanem, przeciwnikiem Boga. Nawet jeśli ktoś nie studiował Biblii to ta postać pojawia się i w legendach i w kulturze masowej Czy jest możliwe aby nazwę nadać czemuś w neutralnym kontekście?

Zastanawiając się nad tym i szukając, okazało się że te nazwy były nadane w czasie najbardziej natężonych sporów między kościołem katolickim a masonami we Francji.

W roku 1877 polski chemik Bronisław Radziszewski odkrywa luminescencję i syntetyzuje lofinę. Dziesięć lat później, inspirowany tymi pracami,  Raphaël Dubois odkrywa i nazywa lucyferynę i lucyferazę. I w tych właśnie czasach dzieją się ciekawe rzeczy. W roku 1884 – papież Leon XIII ogłasza encyklikę Humanum Genus, która jest nawoływaniem do intelektualnej walki z ruchami masońskimi. I tutaj wkracza na scenę ciekawa postać -  Leo Taxil. Dwa lata wcześniej został wyrzucony z masonerii gdzie dziesiątkami artykułów walczył z kościołem katolickim. Rok po wydaniu wspomnianej encykliki Leo Taxil nawraca się na wiarę chrześcijańską i wydaje „Wyznania wolnomyśliciela”.  A zaraz potem„ Diabeł w XIX wieku”, o rytuałach satanistycznych i Lucyferze wśród masonów. Pisze tu o kulcie Palladynów, przybyłym do Francji z Bostonu (USA) i szerzącym się po Francji niczym pożar w suchym lesie. Tu właśnie wspomina o Lucyferze w kontekście mitu prometejskiego. Jako o postaci która niesie ludowi oświecenie i wolność.

A w 1897  Leo Taxil przyznaje się na konferencji że wszystkie te opowieści o masonach sfabrykował.

Czy tym razem mówił prawdę, czy może znów połasił się na pieniądze za propagandę? Za poprzednie dzieła kupił sobie zamek. Więc może w tym kulcie Lucyfera kryło się ziarenko prawdy? 

Zbieżność dat wskazuję że nazwy nadane przez  Raphaël Dubois mogły być głosem w dyskusji. Może był masonem, może miał przyjaciół masonów. A może po prostu był człowiekiem z poczuciem humoru, i dodał od siebie maleńką prowokację do, rodzącej się dyskusji między kościołem katolickim, a masonami. Jest tu pole do dalszych dociekań, a może i scenariusz na film. Ale stwierdzenie, że w tym gorącym intelektualnie okresie, naukowiec należący do elit swojego kraju, nadał wynalezionym przez siebie substancjom nazwy mocno związane z religią, nie będąc tego świadomym, można włożyć między bajki.


And in English: 


Fireflies, Freemasons and gene therapies


Hundreds of fireflies fly in the forest in Iława. That's why walking around it at night is magical. These performances only take place for a few weeks of the year. But here I wanted to mention what fireflies have to do with Masons, covid vaccine, and gene therapies.

Fireflies glow thanks to luciferin and luciferase which are oxidized. As a result, the electron in the atom excites and then falls to a lower level in the shell, emitting a photon. Yes, fireflies shine thanks to quantum effects. These effects also influence mutations in DNA.

That luciferin plus luciferase lit up in mice was the start of gene therapies and the development of the Modern company. What you can read about in the 2018 article "Just the messenger” (https://go.gale.com/ps/i.do?p=AONE&u=googlescholar&id=GALE|A572904656&v=2.1&it=r&sid=googleScholar&asid=1caaa18 )

Luciferase was used in studies that proved the possibility of extending life by 40%, as presented in the work from two months ago  ( https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2121499119 )

These substances, as well as the very popular GFP (Green fluorescent protein), are used in many biological experiments  

But these are known facts. And I was interested in the origin of the names - luciferin and luciferase. In the sources, it is said to be simply from the Latin lucifer, "light-bearer" . The author of the names, Raphaël Dubois, does not explain the source of inspiration in his works. The problem is that in our culture, whether in Poland or France, Lucifer is associated with the devil, Satan, the enemy of God. Even if someone has not studied the Bible, this character appears in legends and in mass culture. Is it possible to give a similar name to something in a neutral context?

Reflecting on this and searching, it turned out that these names were given during the most intense disputes between the Catholic Church and the Masons in France.

In 1877, the Polish chemist Bronisław Radziszewski discovers chemiluminescence and synthesizes lofin. Ten years later, inspired by these works, Raphaël Dubois discovers and names luciferin and luciferase. And these are the times when interesting things start to happen. In 1884 - Pope Leo XIII publishes the encyclical Humanum Genus, which is a call to intellectual struggle against masonic movements. And here comes an interesting character - Leo Taxil. Two years earlier, he was expelled from Freemasonry where he fought against the Catholic Church with dozens of articles. A year after the publication of the above-mentioned encyclical, Leo Taxil converts to the Christian faith and publishes Confessions of a Freethinker. And right after that, "The Devil in the Nineteenth Century," about Satanic rituals and Lucifer among the Freemasons. He writes here about the cult of the Palladins, who came to France from Boston (USA) and spread through France like a fire in a dry forest. This is where he mentions Lucifer in the context of the Promethean myth. As a figure who brings enlightenment and freedom to the people.

And in 1897, Leo Taxil admits at a conference that he fabricated all these stories about Masons.

Was he telling the truth this time, or was he making up for the propaganda money again? He bought a castle for his previous works. So maybe there was a grain of truth in this cult of Lucifer?

The coincidence of dates indicates that the names given by Raphaël Dubois could have been a voice in the discussion. Maybe he was a Freemason, maybe he had Freemason friends? Or maybe he was just a man with a sense of humor, and he added a tiny bit of a provocation to the nascent discussion between the Catholic Church and Masons. There is room for further research here, and maybe also for a script for a film. But the we can not give the credence to the statement that in this intellectually hot period, a scientist belonging to the elite of his country, gave the substances he had invented names strongly associated with religion, without being aware of it,  Can we?

-----------------------------

The aforementioned Bronisław Radziszewski founded the first modern chemical laboratory in Lviv. We want to do something similar. To set up an educational synthetic biology laboratory in a small town in Poland. So that young people can benefit from practical, modern education that will prepare them for the future.For example, to work on saving data in DNA in a few years.. A few days ago, DNA Data Storage Alliance joined SNIA (Storage Networking Industry Association). They will develop DNA writing standards for the data industry. This means that such commercial and common technologies are close. Feel free to support our project: https://www.instytut.ilawa.pl/synbio_lab  

On the photos, fireflies from the forest in Iława (Poland)

czwartek, 19 maja 2022

Słów kilka po semestrze studiowania biologii syntetycznej na MIT. I o tym, co z tego wyniknie. Dla Iławy i nie tylko.

Od stycznia do maja miałem przyjemność studiować biologię syntetyczną na najlepszym uniwersytecie świata, razem ze studentami MIT ( Massachusetts Institute of Technology ) i Harvardu (Harvard University). Studiowałem za darmo, online, z Iławy.



Biologia syntetyczna, którą interesuję się od jakiegoś czasu, to w największym skrócie – projektowanie i tworzenie nowych organizmów/systemów biologicznych. 

Ten kurs (How to Grow Almost Anything – HTGAA 2022) rozwijany jest od kilku lat, a przeznaczony jest dla osób które nie są specjalistami w biologii komórkowej. Np. dla informatyków, designerów czy innych hobbystów zainteresowanych tematem. W latach kowidowych studenci MIT/Harvardu i globalni (online) mieli taki dokładnie taki sam tryb nauki. W tym roku stacjonarni mieli otwarte laboratoria na MIT, a my, globalni, dostęp do robotów laboratoryjnych na Tajwanie. 

O szczegółach kursu nie będę tu więcej pisał, wystarczy wrzucić sobie w tłumaczarkę, tekst Fotisa, programisty (computer scientist) z Oxfordu, który też w nim uczestniczył, rozwijając swoje kompetencje w immunologii: https://nlightnfotis.github.io/2022/05/12/reflections-on-learning-how-to-grow-almost-anything.html lub relację wynalazcy Andresa Rico z poprzedniej edycji https://medium.com/mit-media-lab/democratizing-synthetic-biology-the-media-lab-e79a9817b546 . Andres, w tej edycji, prowadził dla nas warsztaty z bioreaktorów.

Nagrałem o tym krótki filmik „Jak z Iławy studiować na najlepszej uczelni na świecie (MIT), za darmo. I o tym co zrobić żeby w Iławie każdy mógł rozwijać swoje projekty.” Do obejrzenia poniżej.



A na drugim klipie mówię o tym co te studia wniosą nowego do mojego projektu cyfrowej nieśmiertelności ( https://www.welcomeback.space/polski-strona-g%C5%82%C3%B3wna ). Czyli o części tego co jest w mojej pracy końcowej - o skanerze ciała opartego na konsorcjach bakterii, delegujących zadania wirusom, budującym maszyny w środku komórek (The Cohort Body Scanner).




Jednak najważniejszym efektem tego kursu będzie moja wzmożona aktywność w kierunku wprowadzenia nowoczesnej, praktycznej edukacji do Iławy. Czyli laboratorium biologii, syntetycznej,  pracowni projektów z różnych dziedzin - Fab Labu czy innych rozwiązań idących w tym kierunku.

A jeszcze co do różnic między studentami MIT i Harvardu, a nami – globalnymi. Na grupowym zdjęciu Z MIT Media Lab, nas widać tylko jako małe kwadraty na ekranie w sali wykładowej. Zresztą tak jak wybitnych profesorów tu obecnych – Georga Churcha i Johna Glassa. Ale zawsze można zrobić zrzut ekranu i wtedy wszystko prezentuje się całkiem inaczej :-)

Pomysł na tą edukację pochodzi od Georga Churcha, a projekt, od kilku lat, organizuje David Sun Kong. I robi to super profesjonalnie.


Autor skrina - Danny Chen ( 陳加恩).

Często piszę, że w przyszłości widziałbym w Iławie uczelnię na wzór Institute for Advanced Study (IAS - Princeton), sprzed 100 lat. Oczywiście będą to nowoczesne rozwiązania, a MIT/Harvard bardzo dobrze wpisują się w nakreślanie rozwoju globalnej nauki/edukacji. Skorzystamy z tych doświadczeń.

A zainteresowanych biologią syntetyczną zapraszam do zalajkowania mojej strony o SynBio na Facebooku: https://www.facebook.com/synbiopl Tam też pojawią się informacje o nowej edycji HTGAA, jeśli tylko będę miał o tym wiadomość.

wtorek, 25 stycznia 2022

Igrzyska za 25 milionów chlebów.



Podobno w Polsce wszyscy znają się na futbolu. Ja akurat nie, więc pozwolę sobie coś na ten temat napisać, bo chcą stadion w Iławie budować. A dyskusji wokół tego, jak to w Iławie, nie ma żadnej. Po prostu chcą zrobić jakąś sztampę.

Za dzieciaka oglądałem wszystkie mecze na mistrzostwach gdzie grała Polska, czasem mecze Jezioraka. Dziś najwyżej zobaczę kilka minut rozgrywki, a stadion Jezioraka odwiedzam raz na kilka lat. Lubię pobiegać za piłką, fajna rzecz, ale fanem oglądania sportu nie jestem. Nawet koszykówki nigdy nie oglądałem choć grywałem. Najwyżej skoki, bo relaksują i usypiają. Choć z drugiej strony wiem, że sport to jedna z najczęściej wyszukiwanych w Google dziedzin, a prognozy mówią że globalny rynek piłek do futbolu ma wzrosnąć z 1,883.6 milionów dolarów w 2019 do  3,712.7 mln. dolarów w 2027. Tak więc, statystycznie, warto w to inwestować.

Politycznie sprawa jest jasna. Wyborców dla których piłka może mieć jakieś znaczenie jest w Iławie kilka tysięcy, więc każdy poważny polityk musi być za budową stadionu. Po co głupio tracić potencjalne głosy? Więc w tej sprawie nie da się z ludźmi rozmawiać poważnie. Ale ja mogę poważnie pisać bo politykiem nie jestem.

Pytanie – jak inwestować? Obecnie piłka nożna to niewiele więcej niż lukratywny handel ludźmi. Może nam się to nie podobać ale miliardy ludzi na świecie akceptują taki kształt tego biznesu i nieźle się tym bawią. Zabawa na wyższym szczeblu polega na tym, że jak masz pieniądze i akurat wolisz zainwestować w sport, a nie w akcje rudy miedzi czy biotechu, to kupujesz jakiś klub i ludzi skąd chcesz, potem zarabiasz na reklamach, transmisjach, transferach, biletach i gadżetach klubowych. Ale to za granicą. Dochody większych polskich klubów to około 50mln zł rocznie. Większość rodzimych klubów dokłada do interesu* bo wspiera się dotacjami. A koszt budowy stadionu w większym mieście to 200-500mln. U nas ma to być 80 mln.

I tutaj moje pierwsze pytanie. Bo o ile najwięksi gracze na tym zarabiają, to małe kluby sportowe raczej nie. Nie słyszałem o biznesach stawiających stadiony w małych miastach. Raczej jest tak, że stawia się je za pieniądze podatnika. I, w ostatecznym rozrachunku, zyskują na tym bogate kluby, bo te małe miasta dostarczają darmowej infrastruktury do treningu młodych i stanowią zaplecze do selekcji najbardziej obiecujących zawodników. Więc, oprócz względów politycznych, czy stadion nam się opłaca? A jeśli nie, czy można zrobić coś żeby się opłacał? Może umowy z korzystającymi ze stadionu, podpisywane na 25 lat, że w razie późniejszego zarabiania powyżej średniej, na grze, 30% mają oddawać miastu? No niby czemu zarabiać mają na tym miliarderzy, a Kowalski co spędza 8 godzin w nudnej pracy i nic go sport nie obchodzi, ma do tego interesu dokładać?

Poza tym, patrząc ekonomicznie, budowa takiego stadionu to potencjalna utrata korzyści dla ludzi, których sport w ogóle nie interesuje. W Iławie mamy zdecydowaną nadwyżkę obiektów sportowych w stosunku do miejsc w których ludzie mogą rozwijać się w takich dziedzinach jak nauka czy technologia. Na to kompletnie nie ma pieniędzy. Oczywiście też ma to uzasadnienie polityczne bo ile osób zainteresowanych jest rakietami, genetyką, neuronauką czy robotyką na poziomie wyższym niż klocki? Takiego wyborcy praktycznie nie ma. A pieniądze do zarobienia tu są. Tylko że próby realizacji będą trudne, długodystansowe i wizerunkowo nieopłacalne. Tak więc politycznie sport górą i nie ma tu dyskusji.

No ale może udałoby się część ludzi przekonać żeby zamiast dokładać do korytka miliarderom i działaczom PZPN, sport lokalny zamienić z powrotem w zabawę? Chodzi o ligę w której jest zakaz handlu ludźmi. Czyli robimy drużynę z mieszkańców, którzy urodzili się w Iławie i przebywali tu dłuższy czas, i gramy tylko z drużynami, które respektują tą regułę u siebie. Dodatkowo wprowadzamy regułę zakazu gry w tej lidze dla osób które kiedykolwiek zmieniły klub i zakaz gry w ligach PZPNowskich, pod karą finansową. Niby ciężka sprawa ale może na początek jakieś partnerskie miasto by się znalazło do zabawy. Dodatkowo możemy zorganizować ligę robotów. Jak myślicie, za ile lat pierwsza drużyna robotów pokona najlepszą ekipę z ligi mistrzów? Na razie wygląda na to że ludzkość ma jeszcze kilka lat przewagi. 

Szczerze? Zróbmy cokolwiek oprócz nudnej sztampy bo można oszaleć od tej szarej normalności. Co więcej, powinniśmy zacząć w Iławie jakieś dyskusje. Ale nie takie jak w telewizji, gdzie uczestnicy przychodzą z gotowymi, niepodważalnymi tezami i garścią ciętych ripost, okładając się tym wzajemni ku uciesze publiczności. Brakuje takich dyskusji, których rezultatem jest wspólne wytworzenie nowej jakości i ciekawych koncepcji. 






* http://www.pte.pl/pliki/1/8905/Ekonomista2017-3_59-87.pdf


poniedziałek, 10 stycznia 2022

Ścieżki Hawkinga - dajmy wszystkim dostęp do lasów.




Ścieżki Hawkinga to pomysł polegający na umożliwieniu ludziom niepełnosprawnym i mniej mobilnym seniorom, dostępu do lasów na własną rękę. Z uwagi na stan dróg, do lasu nie można wjechać zwykłym wózkiem inwalidzkim. A można zapewnić możliwość wypożyczenia elektrycznego wózka terenowego, który może poruszać się także po leśnych drogach.  Ścieżki Hawkinga to miejsca gdzie będzie można wypożyczyć taki wózek i pojeździć nim po okolicy. 

Najlepiej gdyby te przejazdy odbywały się wśród lasów rekreacyjnych. Czyli np. po proponowanych Lasach Miejskich w Iławie ( https://www.klip.ilawa.pl/las-miejski). W lasach gospodarczych, a takie są obecnie wszystkie lasy wokół Iławy, jeździć będzie ciężej bo drogi poryte są koleinami po maszynach leśnych.

To świetne rozwiązanie zarówno dla mniej sprawnych ruchowo mieszkańców Iławy jak i turystów, którzy otrzymają możliwości jakich nie mają nigdzie indziej.

Tego rodzaju usługa to innowacja na skale globalną. W samej Polsce, jeśli byłaby wdrożona na skalę krajową, pozwoli na dostęp do lasów setkom tysięcy ludzi, którzy dotąd nie mieli takiej możliwości. Dzięki właściwościom terapeutycznym lasów, wpłynie to korzystnie na ich zdrowie, a w konsekwencji zmniejszy koszty opieki zdrowotnej.  To rozwiązanie dla 99% niepełnosprawnych, których nie stać jest na kupienie sobie prywatnie takiego wózka.


Przykładowy terenowy wózek elektryczny

W praktyce zacznie się od dowożenia wózka do lasu na życzenie klienta, ale docelowo będą to stacje w których wózki będę po prostu czekały na użytkownika. Wraz z systemem, który umożliwi łatwe przesiadanie się z samochodu/taksówki/autobusu, na wózek.

Nazwa projektu wywodzi się oczywiście od słynnego fizyka, specjalisty od czarnych dziur, który też poruszał się na wózku inwalidzkim. Pomysł to ekonomiczna odpowiedź na fakt, że będzie bardzo ciężko o dostosowanie lasów rekreacyjnych do niepełnosprawnych, przy pomocy budowy utwardzonych ścieżek. Chodzi oczywiście o koszty ich budowy, na co finanse mogą się nie znaleźć. Wózki terenowe wydają się być rozwiązaniem znaczne tańszym. Istnieją już punkty w których można wypożyczyć wózek terenowy ale nie znam miejsc gdzie punkty te rozstawiane są systemowo przy lasach. 

Czy znajdą się na to fundusze? Nie wiem. Jeden z urzędów, który szukał pomysłów na innowacje dla niepełnosprawnych, więc się do nich zwróciłem, wstępnie był zainteresowany projektem. Po trzech miesiącach jednak zaczeli sugerować, że to wcale nie jest innowacja, a poza tym skojarzyli że nie mogą dawać grantów na takie projekty bo coś tam w mają w przepisach. No więc poszukam innych opcji.


Jeżeli chodzi o dodatkowe szczegóły to:

- oczywiście zapewniamy bezpieczny trening z obsługi wózka,

- wózek będzie miał GPS w celu lokalizacji,

- utrzymywany będzie ciągły kontakt z użytkownikiem, za pomocą krótkofalówki,

- w razie potrzeby błyskawicznie zostanie zapewniona pomoc.


PS.Co go finansów to np. tu mamy piękny program dostosowywania szlaków dla potrzeb seniorów i osób niepełnosprawnych: https://www.gov.pl/web/sport/ogloszenie-otwartego-rzadowego-konkursu-ofert-na-dofinansowanie-realizacji-zadan-publicznych-z-zakresu-czesci-40-budzetu-panstwa---turystyki-w-2022-roku . Tyle że, przechodząc do szczegółów, można w ramach tego programu wziąć kubełek farby, odmalować szlak, zrobić do tego materiały informacyjne, apkę i kogoś przeszkolić. O tym że na leśne szlaki niepełnosprawni obecnie nie wejdą, to nikt nie pomyślał.

W związku z tym wysłałem maila do Ministerstwa Sportu i Turystyki, Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej i Ministerstwa Klimatu i Środowiska, żeby się może tym zajęli.